Αρχική σελίδα » Εξετάσεις / Νοσήματα » Αλληλούχιση Επόμενης Γενιάς (NGS)

Μέχρι σήμερα, για τον έλεγχο   των υπεύθυνων γονιδίων και   ανίχνευση μεταλλάξεων για μια   γενετική νόσο, αναλύονταν ένα   προς ένα τα αντίστοιχα γονίδια   ή στην καλύτερη περίπτωση  μικρές ομάδες αυτών. Ως εκ   τούτου, οι έλεγχοι ήταν  χρονοβόροι, δύσκολοι και με   υψηλό συνολικό κόστος για   τους εξεταζόμενους. Πλέον, οι   πλατφόρμες που αξιοποιούν  νέες τεχνολογίες, όπως η  Αλληλούχηση του DNA Επόμενης Γενιάς (NGSNext  Generation Sequencing),  επιτρέπουν τη μαζική παράλληλη αλληλούχηση πολλών γονιδίων στην ίδια εξέταση ξεπερνώντας τους παραπάνω περιορισμούς. Έτσι, το κόστος ανά γονίδιο μειώνεται σημαντικά, και παρέχοντας ταχύτερα αξιόπιστα αποτελέσματα, οι θεράποντες ιατροί και οι εξεταζόμενοι αποκτούν πολύτιμη πληροφορία για την καλύτερη διαχείριση της υγείας των άμεσα ενδιαφερομένων και των συγγενών τους.

Για τη μαζική παράλληλη αλληλούχηση, το Εργαστήριο Ιατρικής Γενετικής ακολουθεί δύο προσεγγίσεις: Clinical Exome Sequencing (CES)και Whole Exome Sequencing (WES).

 ClinicalExomeSequencing (CES)*:

Η μέθοδος ανάλυσης Clinical Exome Solution (CES), αξιοποιεί νέες τεχνολογίες που επιτρέπουν την ταυτόχρονη ανάλυση σε περισσότερα από 4.500 γονίδια του ανθρώπινου γονιδιώματος.Με τη χρήση του NGS αναλυτή της Illumina (NextSeq-500), το CES αναλύει 11 εκατομμύρια νουκλεοτίδια σε περιοχές που εκφράζονται και σχετίζονται με γενετικές νόσους, σύμφωνα με τη διεθνώς αναγνωρισμένη βάση δεδομένων HGMD (Human Gene Mutation Database).Έτσι, επιτυγχάνεται αξιόπιστη γενετική διερεύνηση σε πολύ χαμηλότερο κόστος ανά γονίδιο, σε πολύ συντομότερο χρόνο. Η μέθοδος ανάλυσης Clinical Exome Solution (CES), υπερέχει συγκρινόμενη με άλλες παρόμοιες μεθόδους γιατί, πέρα από την υψηλότατη αναλυτική της δυνατότητα, εμφανίζει ομοιογενέστερη κάλυψη των περιοχών που εξετάζονται, ακόμα και στις πιο απαιτητικές περιοχές.Η ανάλυση CES είναι κατάλληλη για τα περισσότερα περιστατικά με σαφή κλινική εικόνα.

 WholeExomeSequencing (WES)*:

Η μέθοδος ανάλυσης Whole Exome Sequencing (WES), επιτρέπειτην ταυτόχρονη ανάλυση σε περισσότερα από 19.000 γονίδια του ανθρώπινου γονιδιώματος. Χρησιμοποιώντας τον ίδιο NGS αναλυτή της Illumina (NextSeq-500), η μέθοδος WES αναλύει 39 εκατομμύρια νουκλεοτίδια σε περιοχές του γονιδιώματος που εκφράζονται και κωδικοποιούν πρωτεΐνες, σύμφωνα με τη διεθνώς αναγνωρισμένη βάση δεδομένων RefSeq (Reference Sequence Database), καλύπτοντας έτσι ολόκληρο το «εκφραζόμενο» γονιδίωμα του ανθρώπου. Έτσι, επιτυγχάνεται αξιόπιστη γενετική διερεύνηση σε πολύ χαμηλότερο κόστος ανά γονίδιο, σε πολύ συντομότερο χρόνο. Η μέθοδος ανάλυσης WES μπορεί να αποδειχθεί πολύτιμη σε περιπτώσεις σύνθετων φαινοτύπων, με μεγάλη ετερογένεια σε ότι αφορά τις κλινικές εκδηλώσεις, οι οποίες δεν παραπέμπουν σε σαφή διάγνωση. Η ερμηνεία των ευρημάτων, σε τέτοιου είδους περιστατικά, είναι περισσότερο περίπλοκη.

Οι παραπάνω μέθοδοι ανάλυσης επιτρέπουν εξαιρετική αναλυτική δυνατότητα (ευαισθησία > 99%, ακρίβεια > 99%, επαναληψιμότητα >99%) με μέσο όρο κάλυψης του 96% των περιοχών-στόχων περισσότερο από 50 φορές και με αξεπέραστη ομοιομορφία (>98%).

Η ανάλυση και αξιολόγηση των παραλλαγών, πραγματοποιείται σε συνεργασία με την εταιρεία SOPHiAGENETICS® χρησιμοποιώντας την πλατφόρμα SOPHiADataDrivenMedicine® και στο Εργαστήριο Ιατρικής Γενετικής του ΕΚΠΑ, με χρήση της εφαρμογής VarAFT (updated version) (http://varaft.eu). Η ανάλυση αφορά συγκεκριμένο τύπο μοριακών βλαβών στο DNA, όπως σημειακές μεταλλάξεις ενός νουκλεοτιδίου ή μερικών νουκλεοτιδίων. Ως εκ τούτου δεν μπορούν να αποκλεισθούν άλλοι τύποι μεταλλάξεων, όπως ελλείψεις γονιδίων, διπλασιασμοί πολλών γονιδιακών θέσεων ή επεκτάσεις επαναλαμβανόμενων αλληλουχιών για τις οποίες απαιτείται διαφορετικού τύπου εργαστηριακή προσέγγιση.

Στα αποτελέσματα από CES ή WES αναφέρονται μόνο ευρήματα σχετικά σε το φαινότυπο του ασθενούς και μόνο εκείνα που χαρακτηρίζονται ως παθογόνα, ή πιθανά παθογόνα, μετά από συγκριτική μελέτη των βάσεων δεδομένων HMGD, ClinVar, Exac και HPO (Human Phenotype Ontogeny) και σύμφωνα με τις κατευθυντήριες οδηγίες του ΑCMG (American College of Medical Genetics). Επίσης, η ανάλυση μπορεί να αποκαλύψει την ύπαρξη ευρημάτων Αβέβαιης Κλινικής Σημασίας (Variant of Uncertain Significance - VUS), τα οποία βάση της υπάρχουσας γνώσης δεν μπορούν να τεκμηριώσουν την εμφάνιση της πάθησης. Τέλος, τα αποτελέσματα των αναλύσεων CES και WES δεν είναι βέβαιο ότι θα οδηγήσουν στην αποκάλυψη θεραπείας ή την πρόγνωση της πάθησης.

Η νουκλεοτιδική ανάλυση μέσω CES ή WES είναι εντυπωσιακά εκτενής, με τον γενετικό έλεγχο να παράγει εξίσου εντυπωσιακά μεγέθη πληροφορίας. Ο τεράστιος όγκος δεδομένων που εξάγεται συνεπάγεται πολυπλοκότητα, η οποία αντανακλάται στην ποικιλία των αποτελεσμάτων, τα οποία πρέπει να ερμηνευθούν. Ως εκ τούτου, η λεπτομερής και διεξοδική καταγραφή των κλινικών δεδομένων, τόσο του υπό εξέταση ατόμου όσο και των βιολογικών του γονέων, είναι υψίστης σημασίας για την πιο ολοκληρωμένη διερεύνηση, τελική αναφορά αποτελέσματος και διάγνωσης.

 *Για οποιαδήποτε πληροφορία σχετικά με τις παραπάνω αναλύσεις, αλλά και την παραπομπή περιστατικού απευθυνθείτε στο Εργαστήριο Ιατρικής Γενετικής τηλεφωνικά ή ηλεκτρονικά.

Η παραπομπή περιστατικού γίνεται αποκλειστικά από τον θεράποντα ιατρό ή κατόπιν ραντεβού με κλινικό του εργαστηρίου. Το έντυπο παραπομπής και το έντυπο συγκατάθεσης αποστέλλονται ηλεκτρονικά κατόπιν συνεννόησης.

Η απάντηση δίνεται έπειτα από ολοκληρωμένη συζήτηση με τον παραπέμποντα ιατρό.

 

 

 

Επιστημονική Υπεύθυνος

Αναπλ. Καθηγήτρια Γενετικής, ΕΚΠΑ

J. Traeger-Synodinos